409 papers
De evolutiebiologie verkent hoe leven op aarde zich door de tijd heen heeft ontwikkeld en aangepast. Deze fascinerende wetenschap bestudeert de mechanismen achter diversiteit, variatie en de aanpassing van soorten aan hun omgeving. Van de kleinste genetische veranderingen tot de vorming van nieuwe soorten, dit veld biedt een diep inzicht in de geschiedenis van het leven zelf.
Op Gist.Science verzamelen we elk nieuw voorpublicatieartikel dat op bioRxiv verschijnt binnen dit domein. Voor elke preprint bieden we zowel een toegankelijke samenvatting in gewone taal als een gedetailleerde technische analyse, zodat iedereen de nieuwste inzichten kan begrijpen zonder vast te lopen in jargon. Hieronder vindt u de meest recente publicaties over evolutiebiologie.
Dit artikel toont aan dat technieken voor domeinadaptatie de robuustheid van gesuperviseerde machine learning-modellen in de populatiegenetica aanzienlijk kunnen verbeteren door nauwkeurige detectie van introgressie mogelijk te maken, zelfs wanneer trainingsgegevens geen rekening houden met complexe, niet-gemodelleerde evolutionaire processen zoals ghost-introgressie.
Deze studie vestigt *Caenorhabditis becei* als een hanteerbaar gonochorisch modelorganisme door de conservering van belangrijke genetische kenmerken die aanwezig zijn in androdioecische soorten aan te tonen, terwijl het de unieke genomische architectuur ervan karakteriseert, inclusief een groot X-chromosoom en afwijkende verschuivingen in de GC-compositie, door middel van de generatie van een hoogwaardige referentiegenoomassemblage.
Dit artikel presenteert een populatiegenetisch model voor mutatorallelen met willekeurige dominantie om menselijke kiembaanmutatiesnelheidsmodificatoren te analyseren, waarbij wordt vastgesteld dat de meeste bekende varianten consistent zijn met zuiverende selectie, terwijl wordt gesuggereerd dat recessieve mutatoren waarschijnlijk ondervertegenwoordigd zijn in huidige ontdekkingsinspanningen vanwege detectiebiases.
Ancestree is een verenigd likelihood-gebaseerd raamwerk dat ancestrale allelen afleidt uit diverse inputs—inclusief gewone variantgegevens, ancestrale recombinatiegrafieken en lokaal gesamplede bomen—terwijl het complexe mutatiescenario's accommodeert en een superieure nauwkeurigheid en schaalbaarheid demonstreert vergeleken met bestaande tools, met name wanneer uitgroepinformatie wordt benut.
Dit artikel introduceert DSTAR, een nieuwe methode gebaseerd op rarefactie die de beperkingen van de traditionele D-statistiek overwint door precieze detectie van lokale introgressie in datasets met meerdere lineages mogelijk te maken zonder dat een outgroup vereist is, zoals aangetoond door de succesvolle identificatie van Denisova-immuungerelateerd DNA in moderne Papoea's.
Door een boekhoudkundig model te integreren met een optimalisatiekader om mechanische relaties van causale effecten te onderscheiden, toont deze studie aan dat hoewel tegenslag in de vroege levensfase invloed heeft op levensgeschiedenisvariabelen, dit de hypothese niet ondersteunt dat dergelijke tegenslag reproductieve trajecten versnelt om de fitness te maximaliseren bij wilde vrouwtjesbavianen.
Door een uitgebreide deep mutational scanning-dataset van IGPD en andere eiwitten te analyseren, identificeert deze studie een duidelijke klasse van "super compensatoire" substituties bij oplosmiddel-blootgestelde residuen die niet alleen de functie herstellen van niet-functionele varianten, maar ook de mutationele robuustheid breed vergroten over diverse genetische achtergronden.
Dit artikel introduceert PartitionFinder-mAIC, een nieuwe functie in IQ-TREE 3 die het marginale Akaike Information Criterion gebruikt om efficiëntere partitioneringsschema's te selecteren, wat resulteert in minder partities en een verbeterde nauwkeurigheid van de fylogenetische inferentie vergeleken met traditionele AIC- en BIC-methoden.
Door convergente aminozuursubstituties in 126 primatensoorten te analyseren, identificeert deze studie een significante genetische link tussen levensduur en mannelijke vruchtbaarheid, waarbij wordt onthuld dat genen geassocieerd met de mannelijke reproductieve biologie belangrijke drijfveren zijn in de evolutie van de levensduur.
Deze studie toont aan dat in *Capsicum*- en *Arabidopsis*-genomen de expansie van NLR-DNAkopieën sneller gaat dan de accumulatie van voorspelde coderende intacte kopieën, wat een consistente sublineaire schaleringsrelatie onthult die het belang benadrukt van het overwegen van de coderende staat naast het aantal kopieën voor een nauwkeurige analyse van het immuungenenrepertoire.